染色和封片常用的染色方法是蘇木素-伊紅（Hematoxylin-Eosin）染色法，簡稱H.E染色法。這種方法對任何固定液固定的組織和應(yīng)用各種包埋法的切片均可使用。蘇木素是一種堿性染料,可使組織中的嗜堿性物質(zhì)染成藍(lán)色，如細(xì)胞核中的染色質(zhì)等；伊紅是一種酸性染料，可使組織中的嗜酸性物質(zhì)染成紅色，如多數(shù)細(xì)胞的胞質(zhì)、核仁等在H.E染色的切片中均呈紅色。H.E染色程序如下:脫蠟、脫苯、復(fù)水、染色、脫水、透明、封固常規(guī)蘇木素染色中的對比染色是用伊紅,近年來在英、美的一些實驗室則采用焰紅（phloxine）,此外也有用桔黃G（OrangeG）、比布里希猩紅(Biebrichscarlet)、波爾多紅(Bordeauxred)等作為對比染色。伊紅為染胞質(zhì)、膠原纖維、肌纖維、嗜酸性顆粒等常用的染料。下面是切片時碰到的問題的原因及可能處理的方法：(1)組織發(fā)脆：一般是脫水、透明、浸蠟時間過長、溫度過高，并與組織本身質(zhì)地也有關(guān)，在切片時，邊切邊用嘴向蠟片吹氣，可能會好些。(2)切片卷起，可能是刀不鋒利，或刀鋒在另一面，或刀角度過大，切片太厚等等。(3)蠟片彎曲：可能是刀鋒不均，切片刀未磨直，切片刀與蠟塊不平行。(4)透明、浸蠟時間過長、溫度過高，并與組織本身質(zhì)地也有關(guān)(5)厚薄不均：可能是刀、刀座及蠟塊未夾緊，組織太硬，或切片機(jī)主軸太向前，或切片機(jī)已磨損。(6)切片出現(xiàn)裂痕：可能是刀有缺口，石蠟內(nèi)有雜質(zhì)，組織內(nèi)有鈣化、骨片或有線結(jié),也可能會有棉紙纖維等。(7)切片不連片，切不下片，切片很厚，或者切片后蠟塊發(fā)白，內(nèi)陷：組織脫水不佳。補(bǔ)救辦法：可先將蠟塊溶解，取出組織，放入加熱水浴的丙酮內(nèi)（80℃），30～60分鐘，再進(jìn)行透明浸蠟包埋切片，也許會好一點。盡管中性福爾馬林對抗原有很好的保存作用，但酸性福爾馬林對絕大多數(shù)抗原來說也有很好的保存作用，所以在沒有特別處理的情況下常規(guī)HE用12～15％酸性福爾馬林也可以（每100毫升12～15％福爾馬林液內(nèi)加5毫升冰醋酸）。骨髓、結(jié)締組織固定以Bouin液為佳，經(jīng)Bouin液固定后的組織必須流水沖洗4小時以上。有條件的單位可根據(jù)不同要求選用二種或二種以上的固定液；少數(shù)單位還可建立組織冷凍庫，以便適應(yīng)各種特殊的處理要求。