1、概念不同：

（1）保稅區(qū)，也稱保稅倉庫區(qū)，級別低于綜合保稅區(qū)。這是一國海關設置的或經海關批準注冊、受海關監(jiān)督和管理的可以較長時間存儲商品的區(qū)域。是經批準設立的、海關實施特殊監(jiān)管的經濟區(qū)域。保稅區(qū)的功能定位為“保稅倉儲、出口加工、轉口貿易”三大功能。保稅區(qū)具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲商品展示等功能，享有“免證、免稅、保稅”政策，實行“境內關外”運作方式，是中國對外開放程度高、運作機制便捷、政策優(yōu)惠的經濟區(qū)域之一。

（2）保稅倉庫，是指由海關批準設立的供進口貨物儲存而不受關稅法和進口管制條例管理的倉庫。儲存于保稅倉庫內的進口貨物經批準可在倉庫內進行改裝、分級、抽樣、混合和再加工等，這些貨物如再出口則免繳關稅，如進入國內市場則須繳關稅。各國對保稅倉庫貨物的堆存期限均有明確規(guī)定。設立保稅倉庫除為貿易商提供便利外，還可促進轉口貿易。保稅倉庫由直屬海關審批。企業(yè)申請設立保稅倉庫的，應當向倉庫所在地主管海關提交書面申請，并備齊相關證明材料。申請材料齊全有效的，主管海關予以受理。申請材料不齊全或者不符合法定形式的，主管海關應當在5個工作日內一次告知申請人需要補正的全部內容。主管海關應當自受理申請之日起20個工作日內提出初審意見并將有關材料報送直屬海關審批。直屬海關應當自接到材料之日起20個工作日內審查完畢，對符合條件的，出具批準文件，批準文件的有效期為1年；對不符合條件的，應當書面告知申請人理由。

2、內涵不同：

（1）中國境內保稅區(qū)就形同國外，即國外過來的貨物放在保稅區(qū)，相當貨物還在國外，不用交關稅，但出了保稅區(qū)進入非保稅區(qū)，就是從國外進口到中國的意思，要交關稅。中國非保稅區(qū)貨物進入保稅區(qū)，就表示已經出口到國外了，要交關稅了。

（2）保稅倉庫是已經是中國境內的意思。只是可以儲存貨物的功能。比如中國貿易企業(yè)進口貨物入境，但是沒有找到貨物買主，就可以放入保稅倉庫，要交監(jiān)管費，等找到買家就出庫?；蛘呷霂旌笙氲扔袀€好價錢再賣。這也涉及到海關的不同貿易方式的申報。

3、操作流程不同：

（1）保稅區(qū)內外進出，視同進出口，即按照一般的有關進出口的管理規(guī)定來辦理相關手續(xù)。

（2）保稅倉庫貨物進出庫，不視同進出口一、保稅倉庫貨物進庫通關保稅倉庫進口貨物進境時，收貨人或其代理人應持有手寫白色進口貨物報關單（貿易性質為保稅倉庫貨物1233）一份，保稅倉庫貨物進庫清單、保稅倉庫貨物進出庫登記表（一式兩份） 進口合同，進口發(fā)票，裝箱單。正本提單及海關需要的其他單證；收貨人或其代理公司報關員憑主管海關審批同意的 保稅倉庫貨物進庫清單 進口貨物報關單手寫聯，到預錄入公司進行報關單預錄入，并向海關通關中心進行電子通關進口申報。保稅倉庫貨物的進口報關單電子數據一律經審單中心集中審核。